Концепция проекта основана на новом, комплексном подходе к оценке экологического состояния вод Волжского бассейна, включающем использование перспективных методов многоуровневого мониторинга водоёмов для исследования гидрологических, гидрохимических и гидробиологических характеристик, а также биогенных и антропогенных загрязнений поверхности и толщи воды в водоёме, взаимосвязей этих характеристик и возможных источников загрязнений.